Se construyó a finales del siglo XVI, recién terminada la guerra de las Alpujarras y en plena expulsión de los moriscos del reino de Granada. A la vez, se estaban desarrollando las guerras de independencia de los países bajos y de religión en Europa, producto de la reforma protestante y la contrarreforma católica, sin olvidarnos que la situación en la zona de costa mediterránea era muy peligrosa por la guerra con el imperio turco otomano que suponía una continua amenaza de ataque junto a sus aliados, los piratas berberiscos.
De ahí las características tan particulares que tiene la iglesia de Almuñécar, que sigue el modelo arquitectónico de la contrarreforma y también se construye como fortaleza, de modo que pueda servir de refugio a la población en caso de peligro.
En aquella época se da mucha importancia a la liturgia y a todos los objetos relacionados con los actos religiosos, de ahí que la iglesia contenga una magnífica colección de orfebrería de los s.XVI a XVIII.
